这个句子中并没有二个强调句，而是只有一个强调句。which引导的只是一个普通的定语从句。

所谓it is/was...that 强调句，标准的术语为分裂句 cleft sentence。即将一个句子分成二个分句，将需要强调的一个分句成分置于it is/was 后的表语位置，然后用关系词引导剩余部分作为关系分句修饰it. 所以，《剑桥语法》认为分裂句是关系分句的一个亚类。

最常见的分裂句结构为 It is/was... that...即由关系代词或关系副词that引导关系分句。当被强调成分为指人的名词时，可用who替代that。

但也可以用关系限定词whose来引导关系分句。例如：

普通句式：

Your head will fall. 你的脑袋会掉的。your为主语的限定词（传统语法称为定语）

改为分裂句，强调you:

It is you whose head will fall. 会掉脑袋的人是你（而不是别人）。

《新概念》的句子和这个例句的结构是一样的。非强调的普通句式为：

The remains of animals and plants which lived in or near water are most likely to be preserved. 红色部分为介词of的宾语，介词短语作主语的定语。改为分裂句，强调红字部分：

It is animals and plants which lived in or near water whose remains are most likely to be preserved...

这种分裂句，国内语法教学好像没有涉及。网友有所疑惑是可以理解的。有兴趣的网友可以参读Huddleston 的《剑桥英语语法》。it-cleft sentence.