问题一、

没错，独立主格结构只能做状语。但要注意，在英语传统语法中，动词-ing根据其属性被分为“动名词”和“现在分词”两类。

1.动名词前加上物主代词或名词所有格可构成“动名词的复合结构”，即给动名词加了一个逻辑主语，常用作主语、宾语或表语。若不是处在句子主语的位置上，也可在动名词前用名词的普通格或人称代词的宾格。例如：

Tom’s / His smoking made me uncomfortable. 汤姆（他）吸烟使我很不爽。

I don’t mind Tom / him smoking. 我不介意汤姆（他）吸烟。

2.现在分词前可以加名词的普通格、数词、不定代词或主格的人称代词等构成独立主格结构，常用作状语，表示时间、条件、原因、伴随或补充说明等等。例如：

Weather permitting, we'll go outing tomorrow. 如果天气允许，我们明天去郊游。(条件)

She being absent, the meeting had to be put off. 因为她缺席，所以会议不得不推迟。(原因)

It’s so wet there that the trees are extremely tall, some measuring over 90 metres. 那儿湿度很大，所以树都长得特别高，一些高达90多米。(补充说明) 

问题二、

有人将“with+宾语+补语”当作独立主格结构，这是不对的。“with+名词/代词（宾格）+补语”是介词with的复合结构，严格地讲，就是介词短语，而独立主格结构是“名词/代词（主格）+补语”。它们都可以在句中作状语，表时间、原因、条件、方式或伴随情况等。介词with的复合结构还可以作定语，而独立主格结构不能；独立主格结构作状语可以表示补充性说明，而with的复合结构不能。例如：

The little boy with nothing on rushed out of the house. 那个一丝不挂的小男孩跑出了屋子。(作定语，限制修饰boy，不用独立主格结构)（你需要的例句）

All the stones are very heavy, one of them weighing over 3 tons. 所有的石头都很重，其中有一块重达三吨多。(作状语，补充说明，不用with的复合结构)

问题三、

主句的谓语用过去时，从句的谓语不能用一般现在时（除非是表示自然现象、真理等），所以The accused declared he was innocent.是对的，而The accused declared he is innocent.是错误的。

建议今后不要一次提多个问题，每次提一个即可。