第二句的结构是：

1. a transition 是表语。

2. 5,000 years in the making，是a transition 的定语。

3. 5,000 years 是名词词组，副词用法，修饰介词短语in the making。说明“历时的跨度、长度”。

4. in the making：习语。在发展中；在形成中；引申为“历时”。

In 2007, more humans lived in cities than outside them for the first time. It was a transition 5,000 years in the making.

【翻译】2007年，居住在城市的人口首次超过了城市以外的人口。这是一个历时5000年的转变。

我猜测，这应该是中国 “城镇化” 国策实施后，初见成效。