We do not know exactly what happened that eliminated so many species in a relatively short period of time, but there are several possible explanations. 

【分析】that 是关系代词，引导关系分句，先行词是what。

修饰疑问代词what 的关系分句，不能紧靠在what 之后，需要后置，否则就破坏了问句的结构。结果，造成先行词和关系分句分隔。

【翻译】我们不知道，究竟是什么在相对较短的时间内造成这么多物种的灭绝，但有几种可能的解释。

句中的happened 没有翻译出来，主要是觉得没必要了。如果一定要翻译的话，可以这样：

我们不知道，在相对较短的时间内造成这么多物种灭绝的 什么事情发生了。

修饰what 的关系分句举例：

What have you done that upset her?

你做了什么让她不高兴的事?

What else do you do in your whole life that you’re really good at  that you only do once a year? 

在你一生中，你还做什么是你真正擅长的，而你一年只做一次的事情?