Some ions (Ca, Mg, Fe, K and Na) were absent in the starting solution but, as the reaction proceeded, the minerals in the coal were dissolved, and most of the elements entered into the reaction solution.

but连接并列句，but和第二分句之间插入了一个时间状语从句，所以该从句前后用逗号隔开了，以便并列的主句结构清晰。如果去掉这个as从句，则二个逗号同时消失。but后又是and并列的二个分句。这个句子的结构是 A but B (b1 and b2).

有些离子（钙、锰、铁、钾和钠）在开始的溶液中是不存在的，但随着反应的进行，煤中的矿物质被释放，大部分元素进入反应溶液中。