这里的close to their owner是做地点状语吗？

—— 理解正确。 close to 是一个“复合型介词”，意思跟near 差不多。这里指谓语动词stores 的地点。

so这里是连词连接it stores 和retrival is faster对吗？

—— so 是一个十分常用的并列连词，表示“结果”，意为“因此，所以”。在so 之前加上一个逗号停顿便好理解：

The company say it stores emails close to their owner, so retrieval is faster.