第一个问题：

We are wondering whomever we're working for.  

我们想知道我们为谁工作。

I don't know how I can find him. 

我不知道我怎么能找到他。

以上两句，都表示疑问。wh-word 引导的宾语从句，叫“间接疑问句”。如果让宾语从句单独成句，则叫“直接疑问句”。例如：

1. Whomever are we working for?

我们到底为谁工作？

2. How can I find him?

我怎样才能找到他？

第二个问题：

连接副词是不是可以分为两类：一类连接并列分句：however, moreover, thus等，另一类连接从句，如when, why, where, how?这样理解正确吗？

以上表达均有误。

连接副词不能连接并列分句，并列分句由并列连词引导。

when, why, where, how 等wh-word，引导“直接疑问句”时，称为“疑问副词”；引导“间接疑问句”（即名词性从句）时，叫做“连接副词”。