He knows and I know that he knows.

在没有上下文的情况下，这个句子有两种可能的理解：

1. 把 that he knows 看作是 I know 的宾语从句：

He knows and I know that he knows. 他知道，我知道他知道。

如果是这样的话，可以考虑在 and 前加一个逗号：

He knows, and I know that he knows.

2. 把 that he knows 看作是 He knows 和 I know 共同的宾语从句：

He knows and I know that he knows. 他知道他是知道的，我也知道他是知道的。

如果是这样的话，可以考虑在 and 和 that 前前各加一个逗号：

He knows, and I know, that he knows.

注：如果是口语中说话，则在逗号处有停顿。