你对这个句子的理解是错误的。

what可以引导三种不同的名词性从句：

1 间接疑问句

引导间接问句的what是疑问代词或疑问限定词。what仍然保留“什么”这样的疑问含义，翻译时也要翻译出“什么”。例如：

I don't know what you are talking about. 我不知道你在说什么。

特殊疑问句：What are you talking about? what为疑问代词。

Tell me what book you are reading. 告诉我你在看什么书。

特殊疑问句：What book are you reading? what为疑问限定词。

2 间接感叹句

引导间接感叹句的what是感叹限定词。这种从句是由感叹句转变而来的。what仍然保留“多么”这样的感叹意义。例如：

You can't imagine what a nice book he has written. 你无法想象他写的书有多么好。

感叹句：What a nice book he has written! what为感叹限定词。

3 名词性关系分句

引导名词性关系分句的what为融合型关系代词或关系限定词。这种从句本质上是一个被限制性定语从句修饰的名词词组。关系代词what融合了先行词与关系代词which于一身，等于the thing(s) which。关系限定词what融合了先行词的限定词和关系代词which与一身，等于（all) the+(先行词）+关系代词that。What本身既没有疑问含义，也没有感叹含义。what从句可以翻译为汉语的“的”字结构。

例如：

What I gave him was a new book. = The thing which I gave him was a new book.

我给他的是一本新书。

What I gave him were two old books. = The things which I gave him were two old books.

我给他的是二本旧书。

以上二句中what为融合型关系代词，在从句中作宾语。

I gave him what money I had. = I gave him all the money that I had.

我把我所有的钱都给了他。（本句中what为融合型关系限定词）

网友的句子中，what引导的就是名词性关系分句。既不是间接问句，也不是间接感叹句。其中，what是融合型关系代词，在从句中作主语。这个what从句可以改写成一个被限制性定语从句修饰的名词词组。

What I thought were blueberries have a slightly different shape.

The things which I thought were blueberries have a slightly different shape.

我以为是蓝莓的那些浆果形状略有不同。

网友注意这个定语从句。该定语从句本身是个主从复合句，主句为I thought，后接宾语从句，which为宾语从句的主语，由于要引导定语从句故移至定语从句之首。

（有的人认为I thought是插入语，直接分析which是定语从句的主语。这种分析似乎简单一些，可能对初学者有一定帮助。但这种分析其实是不恰当的。我就不在这里分析了。）

由于what中隐含的名词就是被我误以为是蓝莓的东西，蓝莓用了复数，可知what中隐含的名词为复数，所以主句的谓语have必须为复数形式。

我们把what从句中的系表结构改动一下：

What I thought was an apple has a slightly different shape.

我以为是个苹果的那个水果形状有些不同。

本句中我认为是一个苹果的东西，一定是单数（不可能认为许多东西是一个苹果），因此主句谓语用单数。