There are three chairs in there.

我觉得在没有上下文的情况下，将句中的 in 分析为介词或副词都可以，但意思有所不同：

(1) 如果将 in 分析为介词，则 in there 的意思是“在那里面”，此时的 in there 是一个介词短语，是一个整体，不可分开。

(2) 如果将 in 分析为副词，则 in there 的意思是“在那儿的里面”。此时的 in 和 there 均为副词，并非一个整体。比较下面三个句子：

There are three chairs in. 里面有三把椅子。

There are three chairs there. 那儿有三把椅子。

There are three chairs in there. 在那儿的里面有三把椅子。