网友之所以产生疑惑，是因为对语法结构了解不全面，有些概念不正确。在逻辑分析的时候脱离了语法结构允许的范围。

疑问一  but与in fact同时出现

例句1：I thought the work would be difficult. In actual fact, it's very easy. 我原以为这工作会很难,事实上却很容易。

in actual fact=in fact, 是介词短语，不是副词，虽然介词短语可以起副词的作用在句中作状语。状语有修饰性状语（修饰谓语动词），还有评注性状语和连接性状语。后二者并不修饰谓语动词，而是表示说话人对句子的评论或解释，或者起句子间连接作用。in fact(事实上），就是评注性状语。意为后面句子所说的是事实。其本身并没有转折的意思。因此不等于but。网友误以为in fact=but，这种认识是错误的。例句1是二个独立的句子。尽管二个句子之间存在对比或转折关系，但可以不用任何表示转折意义的词语。听话人或读者会明白二个句子之间的逻辑关系。例如：

The TV set was too expensive. I didn't buy it.

任何思维正常的人都能看出“昂贵”和“没买”之间是因果关系。这样写的两个句子是没有错误的。但说话人也可以强调这种因果关系，用连接性状语表示二个句子之间的逻辑关系：

The TV set was too expensive. So I didn't buy it.

第二句中的副词so就是连接性状语，它并不修饰谓语，而是表示本句和前一句之间的逻辑关系为因果关系，前一句为因，后一句为果。

如果我们将两个句子合并为一个句子，则二个分句之间就需要并列连词或从属连词连接：

The TV set was too expensive, and I didn't buy it. and也可以表示英国关系。

I didn't buy the TV set, for it was too expensive. for为并列连词，表示因果关系。

The TV set was too expensive，so I didn't buy it. So在这里被用作并列连词（非正式）。

Because the TV set was too expensive, I didn't buy it.原因状语从句。

The TV set was too expensive, so that I didn't buy it. 结果状语从句。

例句2：That sounds rather simple, but in fact it's very difficult. 那听来简单，但实际上很难。

现在网友应该明白：当我们将例句1的二个句子合并为并列句，我们就需要并列连词but表示这种并列关系，but是连词，不作成分，in fact是第二分句的评注性状语。转折是由but表示的，与in fact无关。

when, whereas均可用作并列连词，大约等于but, 连接二个并列分句，表示转折关系。in fact仍是评注性状语，表示说话人解释说，我说的是事实。这与转折无关。in fact用作句末或插入句子中间，传统语法认为是插入语，但仍然是说话人的解释，不修饰谓语动词。现代语法还是认为其是评注性状语

疑问二  but与quite the opposite同时出现

当but与quite the opposite同时出现时，例句：

We thought the job might be difficult, but it was quite the opposite. [=it was easy] 这句中很明显 opposite取 difficult的反义，也就是opposite = easy。

如果替换成：We thought the job might be not easy, but it was quite the opposite. [=it was easy]

句中出现了not，那么此时opposite取什么的反义呢？

你自己已经回答了这个问题，not easy的对立面当然是easy，这有什么疑问呢？

当in fact与quite the opposite同时出现时，例句：

It's not that wolves are unintelligent; it's quite the opposite, in fact.

这句opposite取谁的反？

in fact是否使用是没有关系的。不用考虑。

网友对这个句子的理解错误，导致逻辑推理错误。

英语有It is not that..., it's just that...这样的结构，用来解释前面所说的事情（由it指代）的原因不是A，而是B。例如：

It’s not that I don’t love you, it’s just that I want to be free to live my own life.（我不能和接受你的爱），不是我不爱你，而是我想自由地过自己的生活。

还可以用not that..., but that...结构：

Not that I don’t love you, but that I want to be free to live my own life.

如果A与B在意义上正好相反，后半句则为：it is （just/quite) the opposite.

因此，网友的这句话的意思不是说狼是否聪明，而是解释狼的某种举动产生的原因，即那个举动不是因为狼不聪明，而是因为事实上狼太聪明。由于不聪明和太聪明在逻辑意义上正好相反，因此后半句用了it's the opposite:

It's not that wolves are unintelligent; it's quite the opposite, in fact.

=It's not that wolves are unintelligent; it's just that wolves are very intelligent, in fact.

不是因为...，而是因为...。

那么当indeed和quite the opposite一起出现时：

History teaches us that science is not _____ enterprise; indeed, it is quite the opposite, a motley assortment of tools designed to safeguard researchers against their own biases.

空格处正确答案为a monolithic。句中有not，indeed，quite the opposite，这时候他们之间的关系是什么？

indeed在此等于in fact, 为评注性状语，说话人解释后面所说的是事实。与opposite的理解没有任何关系。

“这是一个词汇考试题。如果你知道opposite后的形容词motley意为”混杂的、混合的“，由opposite可知，括号处应填一个与motley意义相反的形容词。如果你认识四个选项中的词，并知道monolithic为形容词，意为整体的、单体的，则知道这个词是标准答案。其它的思考都是离题的，或者对句子的错误理解。