是的，这里的 the only thing is...是口语中的惯用表达，可以看作是习语。意思是“唯一的一点是……”，多用于提出问题或缺点；is 后面接的是表语(从句），这个表语由that引导，可以省略。又如：

It's a great apartment. The only thing is (that) it's a little expensive. 这是间很棒的公寓，唯一的一点是有点小贵。

I could take you. The only thing is Dan might need the car. 我可以送你去，唯一的问题是丹可能要用这辆车。