The reason why this happens is in the way the CPC kills bacteria.

【答】此事发生的原因，存在于CPC杀灭细菌的方式中。

本句中，is不是系动词，而是实意动词，意为“存在”，等于exist 或lie，所以，可以说：

The reason why this happens exists / lies in the way the CPC kills bacteria.

不可以这样说The reason why this happens is that the CPC kills bacteria in the way. 也不能这样翻译：这事发生的原因是CPC杀死细菌的方式。

这句话的含义是：原因存在于方式中，或者说，要从做某事的方式/方法/手段中找原因。

又如：

The reason is in the teaching software itself.

（失误的）原因在于教学软件本身。

The major reason is in the market development aspect.  

主要原因存在于市场发展方面。