Sad to say, this project has turned out to be mostly low-level findings about factual errors and spelling and grammar mistakes, combined with lots of head-scratching puzzlement about what in the world those readers really want.

【翻译】遗憾的是，该项目多半是关于事实性错误、拼写错误和语法错误的很肤浅的调查结果，以及读者究竟想要什么的许多令人挠头的困惑。

【分析】combined with lots of head-scratching puzzlement... 是“过去分词短语”，注意：分词短语是一个整体，不应分割开来，不要把combined with 单独拿出来，更不应称作“介词、连词”。

下面，分析它的意义和作用。

1. be combined with：意为“（两个事物）合并在一起、结合在一起”。例如：

The news has just come out that our college will be combined with yours.

我们学院将与你们学院合并的消息刚刚透露出来。

Theory must be combined with practice. 

理论必须同实践相结合。

2. 过去分词短语combined with... 可单独使用，在句中作后置定语、状语或宾补等。其逻辑主语，作定语时就是被修饰的那个名词，作状语时就是句子的主语。意思可由“合并，结合”引申为：“连同；外加；以及”等。例如：

（1）作定语：

Patience combined with diligence is necessary to success.

耐心结合（外加）勤奋是成功所必需的。

你的句子中，combined with lots of head-scratching puzzlement about what in the world those readers really want：过去分词短语作定语，修饰low-level findings，相当于：

which are combined with lots of head-scratching puzzlement about what in the world those readers really want

过去分词短语作定语，相当于定语从句。之前有逗号时，一般视为“非限制性的”，相当于“非限制性定语从句”。

（2）作状语：

(If/When) combined with Chinese traditional medicine, heat treatment is more effective.

热疗（若）与传统中医结合疗效会更好。

根据定语和被修饰词之间关系的紧密程度，我们将定语分为“限制性定语”和“非限制性定语”两种。

▲ 限制性定语与被修饰词的关系非常密切，它说明被修饰词的性质、身份、特征等状况；如果去掉，则会影响句子意思的完整。

▲ 非限制性定语与被修饰词的关系，不像限制性定语那样紧密，只是对被修饰语作些附加说明，即使去掉，主句的意思依然清楚完整。如果作后置定语，通常用逗号分开，翻译时常常不译作定语，而是译成并列的成分。本句，combined with lots of head-scratching puzzlement about what in the world those readers really want 即便去掉，意思仍然完整。

我觉得，你的真正疑问并不在这个问题上，主要是对combined with ...的用法和翻译。