从你的疑问中可以看出你对英语虚拟语气的理解有偏差。虚拟语气是相对陈述语气而言的。陈述语气是说话人对认定的事实做陈述、疑问、感叹时的谓语动词形式。在传统语法体系中，陈述语气就是16种时态的正常用法。换句话说，传统语法讲时态，实际上就是讲陈述语气的动词形式。如果一个人说话时，他谈论的不是事实，那么谓语动词就需要用虚拟语气形式。不是事实又分两种情况：一种是与已知的事实相反的假设。例如，现在是白天，说话人假设现在是晚上。或者一个人死了，假设他还活着。这种虚拟语气的谓语形式都是用动词的某种过去形式来表示的。为了区别于陈述语气，通常在动词形式上往过去前移一格，如陈述语气中动词的did形式表示过去时间，而虚拟语气的did形式却表示现在时间，陈述语气的had done表示过去的过去这个时间，而虚拟语气中的had done却表示过去时间。主句中的谓语动词必须含有情态动词的过去形式之一would/should/could/might。总之在形式上要区别于陈述语气。虚拟语气的另一种情况是说话人谈论的未必是事实，但又不见得与事实相反。例如：说话人建议某人做某事。这个人可能听从建议做了某事，也可能不听建议，不做此事。因此某人做某事的动词“做”反映的就未必是事实。有可能在将来成为事实，有可能在将来也不会是事实。这种未必是事实的虚拟语气是用动词原型来表示的。

总结一下：虚拟语气是表示非事实的一种谓语动词形式，非事实分两种情况：1 与事实相反。 用动词的某种过去形式来表示，动词为be的时候，不分人称，一律用were. 我们为了简单起见，不妨将这种与事实相反的虚拟语气称为were式虚拟语气。2 未必是事实。动词用原型。简单起见，我们不妨称这种虚拟语气为be式虚拟语气。

在早期的英语中，虚拟语气形式是很严格的。但英语发展到现在，部分形式已经被陈述语气形式所代替。尤其是be式虚拟语气。例如：明天有可能下雨，也有可能不下雨。我现在假设明天下雨，动词下雨就表示的未必是事实。这在早期英语中是需要用be式虚拟语气的。If it rain tomorrow,...这个if从句中rain就是动词原型，be式虚拟语气。也就是说，在早期的英语中，即使是真实条件句，也要用be式虚拟语气的。但现代英语中真实条件句的be式虚拟语气已经被陈述语气所代替。只要假设的条件有实现的可能，谓语动词就是陈述语气，而不用虚拟语气了。因此，我现在说如果明天下雨，我会说，If it rains tomorrow,...主语单数第三人称，谓语动词末尾加S，这是陈述语气动词形式。但如果天气形势预报说未来一个月不会有雨，我的庄稼很需要雨，我会感叹，要是明天下雨，该多好啊！这时我说的要是明天下雨，就显然是与事实相反的假设了，就需要用were式虚拟语气。我会说：If it rained tomorrow,...或If it were to rain tomorrow,...。

让步状语从句在早期英语中也是需要用be式虚拟语气的。在现代英语中，非常正式的书面语还会见到让步状语从句中的be式虚拟语气，但更多的是比较正式的情态动词结构代替be式虚拟语气，非正式语体则直接用陈述语气了。例如：

Each country， be it big or small, enjoys the equal rights.

Each country, whether it be big or small, enjoys the equal rights.

Each country, whether it may be big or small, enjoys the equal rights.

Each country, whether it is big or small, enjoys the equal rights.

现在回到你的问题。

whatever引导的是让步状语从句。他们采取行动可能会有正当理由，也可能没有正当理由，这个理由可能是A，也可能是B、C、D等。在正式语体中由于不知道他们是否有正当理由，不知道这个理由是什么，当提及这个理由时，就需要用be式虚拟语气。换句话说，他们有正当理由的几率是50%。当用may be这个情态动词形式代替be式虚拟语气的时候，按照夸克的说法，他们有正当理由的几率减少了。（这种说法值得商榷。因为情态动词may表示推测意义，几率也是50%)。（如果在非正式语体，谓语动词用陈述语气is，则显然先入为主的认为正当理由是存在的，因为is表示的是很有可能是事实。最后这段是我自己加的）。

这就是夸克这段话的意思。

另外我提醒你，夸克的书是现代语法。在现代语法体系中，虚拟语气的定义和传统语法已经不同了。虚拟语气的内容也大大压缩了，were式虚拟语气的大部分内容归到陈述语气的时态里了。你阅读时需要注意。

你似乎忽略了虚拟语气中的be式虚拟语气，对were式了解的多一些。所以你产生了上述疑问。