选择fun。在现代英语中，fun 除了用作名词外，还可用作形容词，意为“令人愉快的；有趣的”，带有褒义，相当于enjoyable，interesting。funny 虽然也是形容词，但意思是“滑稽的，可笑的，古怪的”，往往带有贬义。根据句子的语境，选fun为宜，因为后面的句子表示转折意义。

They all think that her classes are fun, but I really don’t like them.

他们都认为她的课很有趣，但我真的不喜欢。

如果把第二分句改为“喜欢”，那么就选funny。请比较：

They all think that her classes are funny, but I really like them.

他们都认为她的课不可思议，但我真的很喜欢。