begin life as…是英语中的惯用搭配，意思是“最开始或最初是以……的方式存在或出现的”，也可以说成 start life as…或come to life as…。其中的as…短语用作方式状语或主语补语，你的句子意思是：He began life as a Protestant. 他开始是名新教徒。又如：

We all start life as babies.我们都是从婴儿开始人生旅程的。

The restaurant started life as a cinema. 这家餐馆最初是家电影院。

He started life as a teacher before turning to journalism. 他开始当过教师，后来改行搞起了新闻。