When we arrived, she made some fresh coffee.  (1)

参考译文：我们一到达时，她就准备好一些新鲜咖啡。

(解析：如果主句动作紧跟从句动作发生，几乎没有时间间隔都可以使用一般过去时，这是没有任何问题的。)

When we arrived, she was making some fresh coffee。

参考译文：我们一到达时，她正在准备一些新鲜咖啡。

She made some fresh coffee as soon as we arrived.

参考译文：我们一到达时，她就准备一些新鲜咖啡。

(解析：如果主句动作紧跟从句发生，几乎没有时间间隔还可以用as soon as替换引导的时间状语从句。主从句谓语动词都使用一般过去时，也是没有任何问题）

When we had arrived, she made some fresh coffee. (2)

(解析，如果用过去完成时态体现动作发生先后，且时间间隔比较长，使用when引导时间状语从句不是很妥当，建议使用after连词引导时间状语从句100%没有任何问题。)

第2句最好改为以下2种情况（过去某一时间之间完成动作）

After we had arrived, she made some fresh coffee.

参考译文：在我们达到之后，她准备了一些新鲜咖啡。

She had made some fresh coffee before we arrived .

参考译文：在我们达到之前，她就已准备了一些新鲜咖啡。

(备注：在过去时间范畴里，如果从句与主句动作发生的时间间隔很长，需要用相应的连词体现出动作先后，通常为先发生用过去完成时，后发生用一般过去时，如果发生时间间隔很短，或者紧跟着发生，则都用一般过去时态）

(如需要过去完成时来体现动作发生先后，建议不用when引导先发生动作的时间状语从句，而建议用after连词，引导先发生动作时间状语从句。)

其结构归纳如下

(1)After sb(A) had done sth, (B) sb did sth

在(A)某人做了某事之后，(B)某人做了某事

(2)sb(A) had done sth before sb(B) did sth

在(B)某人做了某事之前，(A)某人就已经做了某事