1. Nor did Alice think it so VERY much out of the way to hear the Rabbit say to itself.

nor是连词，did为什么提前了。

答：nor不是连词，而是副词，含有否定意义，位于句首时，其后要用倒装。又如：

Nor did his denial carry conviction. 他的否认也没有说服力。

Nor am I aware that anyone else knows the secret. 我也不知道别人谁还能知道这个秘密。

Nor is acid rain always, and universally, a bad thing.  酸雨也并非在任何情况下都是坏事。

2. There was nothing so VERY remarkable in that.

in that是副词表示“因为”吗？

答：这里的 in that 不是副词，也不是表示“因为”。其中的 in 是介词，that是代词。

句意：其中也没什么特别了不起的东西。

3. She thought it over...

thought it over是固定搭配吗？

答：think over 是短语动词，你说thought it over是固定搭配也不算错。