Great as Newton was，many of his idea (have been challenged) today and are being modified by the work of scientists of our time.

参考译文：虽然牛顿很伟大，但是如今他的很多观念/理念已被怀疑/已受到质疑并正在被我们现在时代的科学修改。

(备注：这个句子是由“连词as" 引导让步状语从句，且是倒装结构，as引导让步状语从句，句子必须倒装。以上句子属于”表语“倒装。）

A.are to challenge(不定式主动式作表语:表示将要去质疑/怀疑,不符合句子意思)

B.may be challenged(含有情态动词被动式:表示也许被怀疑/质疑,不符合句子语境)

C.have been challenged(现在完成时被动语态:表示已经被怀疑/已受到质疑,符合句子语境)

D.are challenging(现在进行时态,正在怀疑/质疑:不符合句子语境意思表达)

答案解析：正确答案为C.原因如下

(1)根据后面有一个介词by 被以及连词and可以推出，前后都需要使用被动语态。

(2)根据句子所体现出来意思，他的很多想法作主语，谓语动词为challenge怀疑/质疑，很显然，主语为动作承受者，因此需要使用被动语态。

(3)根据后面意思，已经正在被修改了，因此推断出他的很多想法已经被怀疑/或者受到质疑。因此需要使用现在完成时态。

challenge  vt.怀疑，质疑(真实性、价值、权威等) (英文解释：If you challenge ideas or people, you question their truth, value, or authority.）

Democratic leaders have challenged the president to sign the bill.

民主党领袖对总统签署这项法案提出了质疑。

The move was immediately challenged by two of the republics.

此项动议立即遭到其中两个共和国的反对。