It’s not as if…是英语中的固定句式，也可说成 it’s not as though，主要用于表示某个解释不正确，意思是“好像不是”“显然不是”“真不是”等。如：

It’s not as if this was the first time she’s been difficult. 她这人难对付，好像这并不是第一次了。

It isn’t as if he didn’t recognize me! He just walked straight past me as I stood there.  他不像是没认出我！可是我站在那里他迳直从我跟前走过。

I am surprised by the fuss she’s making. It’s not as if my personality has changed.  她的大惊小怪令我很吃惊。显然不是我的个性改变了。

你的句子意思是：

I don’t know why you’re so frightened of her, it’s not as if she’s got any power over you. 我不知道你为什么那么怕她，她好像没权力管你吧。