Your problem is common one among middle school students. 这句话是有个小错误。
就像你所说，有两种改法：
1. Your problem is a common one among middle school students.
说明：one是代词，用于代替名词，指代某类明确的人或事物。之前一旦有了形容词修饰，那就是把它具体化了，因此要加冠词 a，表示泛指“任何一个”。
2. Your problem is common among middle school students.
说明：is common 是系表结构，形容词 common 作表语，这太正常了。
我估计，你的老师可能是根据参考答案给你判的，有时参考答案可能不够全面。或者，你的老师就认为只有一个是对的。其实，老师没有道理给你判错，这样的例句是很 common 的，请看：
This attitude is common among the people under 25. 这种态度在25岁以下的青年中很普遍。
Burnout is common among teachers. 过度劳累在教师中很常见。