我同意你的看法。例如：
We will be flying high over the Pyrenees. 我们将从比利牛斯山上高高飞过。（《张道真高级英语词典》p.1030）
The plane flew above the clouds. 飞机在云层上方飞行。 （《张道真高级英语词典》p.3）
The plane is flying over the Pacific Ocean 飞机正飞越太平洋上空。（单纯表示“太平洋上空”之意时也可用above，但如果加上from Beijing to Los Angeles（从北京到洛杉矶），则通常用over来表示飞机飞过太平洋的弧形轨迹）（《外研社英汉多功能词典》p.1496）
fly above the mountain 在山的上空飞行（如果用fly over the mountain，则“在山的上空飞行”的含义之外又加上了“（划着弧线）飞越那座山”，“飞向山的另一侧”的意思）（《外研社英汉多功能词典》p.7）